Die Säkularisation und das 19. Jahrhunderts
Die Säkularisation von 1802/1803 bedeutete den größten Einschnitt in der Geschichte der Stadt und der Fürstpropstei. Das bislang selbständige geistliche Territorium wurde 1802 durch württembergisches Militär besetzt und dem Herzogtum, späterem Königreich Württemberg angeschlossen. Der neue württembergische Landesherr gab Ellwangen 1803 wegen seiner Schwierigkeiten mit den Landständen in Altwürttemberg den Status einer Residenz für die neuwürttembergischen Landesteile. Im Zusammenhang damit entstanden in Ellwangen die entsprechenden Behörden. Die Stadt behielt diese Stellung bis 1806 im Zusammenhang mit der Erhebung Württembergs zum Königreich die alt- und neuwürttembergischen Landesteile vereinigt wurden. Ellwangen wurde 1811 vom König Friedrich mit dem Titel einer "guten Stadt" des Königreichs entschädigt, der aber erst im Zusammenhang mit der neuen Organisation Württembergs 1817/1818 der Stadt das Recht gewährte, neben dem Oberamt einen eigenen Abgeordneten für den Landtag zu wählen.
1812 wurde in Ellwangen auch das Generalvikariat für die katholischen Einwohner Württembergs errichtet, das zum Vorläufer des späteren katholischen Bistums im Lande wurde. Neben dem Generalvikariat wurde auch ein Priesterseminar und eine theologische Universität eingerichtet. 1817 wurde das Generalvikariat und das Priesterseminar nach Rottenburg am Neckar verlegt, die Hochschule als katholisch-theologische Fakultät an die Universität Tübingen. Mit dem Anschluss Ellwangens an Württemberg wurde 1803 das Oberamt Ellwangen eingerichtet. Über verschiedene Vorgängerbehörden entwickelte sich auch die durch König Wilhelm I. in der Landesorganisation von 1817 geschaffene Kreisregierung für den Jagstkreis, die in ihrer Aufgabenstellung weitgehend einem heutigen Regierungspräsidium entsprach.
Im Zusammenhang mit der neuen Organisation des Landes entstand auch das Landgericht Ellwangen. Im Zuge der weiteren Entwicklung der Gerichtsbehörden im 19. Jhdt. traten neben dasselbe das Amtsgericht und die Staatsanwaltschaft.